Die Überschrift sagt es eigentlich schon. In der aktuellen Eclipse Version Mars.1 scheint es einen Fehler bei der XSL Transformation zu geben.
Grundsätzlich besteht die Möglichkeit ein XML-File und ein XML-Schema-File im Projekt-Explorer gleichzeitig zu markieren und über das Kontext-Menü Run As -> XSL Transformation in ein Zielformat zu wandeln. Dieses Prozedere funktioniert nicht immer. Ab und zu wird die Transformation nicht angestoßen oder aber liefert falsche (evtl. auch ältere) Ergebnisse.
Ein möglicher Workaround: Wird nur eins der beiden Files selektiert und über das Kontext-Menü Run As -> XSL Transformation gewählt, so öffnet sich ein Fenster mit der Möglichkeit das Gegenstück (XML- oder XSL-File) für die Transformation zu wählen. Dieses Vorgehen funktioniert tadellos und sollte bis auf weiteres bevorzugt werden!