Die Überschrift sagt es eigentlich schon. In der aktuellen Eclipse Version Mars.1 scheint es einen Fehler bei der XSL Transformation zu geben. Grundsätzlich besteht die Möglichkeit ein XML-File und ein XML-Schema-File im Projekt-Explorer gleichzeitig zu markieren und über das Kontext-Menü Run As -> XSL Transformation in ein Zielformat zu wandeln